El RUNT es responsable de controlar el Recaudo de los derechos del Ministerio de Transporte y los del RUNT. Para lo anterior, el RUNT requiere que los Organismos de Tránsito registren en el sistema las tarifas relacionadas con los trámites que generan Especies Venales, sobre los cuales debe calcular el 35% que corresponde a los derechos del Ministerio de Transporte. Para efectos de la generación del Comprobante único de Pago, el Organismo de Tránsito liquidará sus derechos y le reportará al RUNT los trámites que va a realizar para que el RUNT liquide lo correspondiente al Ministerio de Transporte y al RUNT.